کھانے کے میٹرکس میں پروبائیوٹکس کو شامل کرتے وقت توجہ مرکوز کرنے کے لئے نو چیلنج ہیں۔ وہ یہ ہیں: 1۔ تناؤ کا انتخاب، 2۔ تناؤ کی پیداوار، 3۔ خوراک کو ٹیکہ لگانے کا طریقہ، 4۔ پروسیسنگ کے دوران بقا کو کیسے یقینی بنایا جائے، 5۔ سٹوریج کے دوران قابل عمل ہونے کے نقصان سے کیسے بچا جائے، 6۔ [پروبائیوٹکس] کالونی گنتی کا حساب کیسے لگایا جائے، 7. کھانے کی حسی خصوصیات پر اثرات، 8. [مصنوعات کا تحفظ] صارفین کے گھروں میں استحکام، 9. اور معدے کی نالی میں کردار ادا کریں۔
خاص طور پر، جوس میں، نامیاتی تیزاب اکثر مصنوعات کے پی ایچ کو 4 سے نیچے لاتے ہیں، جو پروبائیوٹکس کی بقا کو روکدے گا۔ انتخاب میں، وہ پروبائیوٹکس جو کم پی ایچ برداشت کرتے ہیں ان پر غور کیا جانا چاہئے، جیسے بیفیڈوبیکٹیریم پر لیکٹوبیسیلس۔